@Bio_stations

バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！

 Molecular biology
profu.link/u/biostation
Joined February 2017
  • Tweets3.2K
  • Following422
  • Followers25.4K
25Media
ポッドキャスト新エピソードです！ 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました open.spotify.com/episode/60o…

#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast · Episode

open.spotify.com
5
1
89
34,158
ミトコンドリアのストレス応答 細胞がストレスを受けた時、変性したタンパク質だけをピンポイントで凝集・隔離する仕組みを発見(凝集体をSIMPAと命名)。さらに、ERとミトコンのコンタクトを制御によってこの凝集体の除去が行われるとか nature.com/articles/s41586-0…

GRP75-dependent SIMPA mediates inter-organellar quality control

Nature - Proteotoxic stress drives formation of GRP75-dependent protein aggregates that signal through mitochondria–ER contact sites to activate targeted quality-control pathways, enabling...

nature.com
2
15
114
7,774
予約投稿のamとpmを間違えてしまいました！ また、管理人が休暇のため論文紹介はしばらく不定期になるかもしれません！
1
981
生体分子設計の新たなスタンダード"RF Diffusion4" 推論モデルを改良し、アミノ酸、糖類、DNA、RNAなど多様な化学成分を標的とするde novoタンパク質を設計できるツールを開発。リン酸化結合タンパク質や、Ca依存的結合、種/パラログ間の識別なども可能に rfd4-proteina.org/

RFD4-Proteina

Biomolecular design through latent reasoning with RFD4-Proteina.

rfd4-proteina.org
15
2
150
8,359
低温が寿命を延ばすメカニズム 筋肉で作られる代謝物が、離れた組織のタンパク質凝集を抑え個体の寿命を延ばすことを報告。比較的安定で輸送可能な補酵素前駆体を、各組織が活性型の補酵素に変換して利用するらしい。主に線虫の系で、ヒト細胞でも病的タンパク質凝集を抑制 nature.com/articles/s41586-0…

Cold activates a BH2 metabolic network promoting longevity and proteostasis

Nature - A multi-tissue signalling system links cold temperature to enhanced longevity and proteostasis in Caenorhabditis elegans.

nature.com
16
150
8,868
ミトコンドリアが核の若返りを助ける 酵母の配偶子形成において、老化関連因子を次世代へ持ち込ませない核の品質管理にミトコンドリアが重要であることを発見。Tom70がミトコンと核膜の接触を作り、核膜孔複合体を隔離するらしい nature.com/articles/s41467-0…

Tom70–mediated mitochondria–nuclear envelope contacts regulate nuclear pore complex inheritance...

Nature Communications - Mitochondrial-nuclear envelope membrane contacts are established during budding yeast meiosis. This contact is driven by a tether pair consisting of meiosis-specific Cnm1...

nature.com
13
97
6,948
自然言語でタンパク質をデザイン 手動による構造制約や事前の最適化を必要とせず、どのようなタンパク質が欲しいか入力するだけでタンパク質がデザインできるらしい。蛍光タンパク質や酵素としての生化学的機能の検証にも成功 時代の進歩、、 nature.com/articles/s41586-0…

Programmable design of functional proteins from natural language

Nature - Pinal, a 16-billion-parameter artificial intelligence model, designs functional proteins from natural-language descriptions, demonstrating experimentally validated activities and improved...

nature.com
26
2
167
9,059
転写を活性化するタンパク質のデザイン AIを用いた設計により、転写共役因子と相互作用する人工タンパク質をデザイン。転写活性を薬剤耐性へ変換する系で大規模解析。転写活性化のメカニズムに迫るとともに、CRISPRaなどへの応用も biorxiv.org/content/10.64898…

Design of synthetic activators for programmable gene expression

Transcription factors control gene expression by recruiting transcriptional coactivators through intrinsically disordered transcriptional activation domains (TADs), whose weak and promiscuous...

biorxiv.org
5
64
5,075
タンパク質分解配列のスクリーニング タンパク質のC末端に位置するデグロンを網羅的にスクリーニングする手法を開発。栄養と炎症に応じた条件依存的な制御も明らかに。リボソーム成熟・生合成に関わる新規のメカニズムも解明 大規模解析から分子レベルの発見まで面白いです cell.com/molecular-cell/full…

Proteome-wide C-degron activity profiling connects conditional regulation of the CTLH E3 ligase...

Exploiting ORFeome libraries with different C-terminal architectures, Grant et al. perform comparative stability profiling to identify a conditionally regulated C-degron pathway governed by the...

cell.com
5
66
4,938
リプログラミングによる若返り トランスクリプトーム老化予測モデルを構築し、さらに網羅的スクリーニングによってSRSF1というスプライシング因子が若返りに貢献する可能性を発見。マウス生体でも強制発現により寿命の延長などの効果が見られる nature.com/articles/s43587-0…

Transcriptomic reprogramming screen identifies SRSF1 as a regulator of aging

Nature Aging - Plesa, Jung and colleagues conduct an in vitro transcriptomic reprogramming screen and identify splicing factor SRSF1 as capable of reducing transcriptomic age without loss of cell...

nature.com
6
67
4,620
プロテアーゼのde novoタンパク質設計 AIを用いてアミド結合を切断する高活性な亜鉛メタロプロテアーゼの設計に成功。活性中心に金属イオンや水分子などを精密に配置するのが重要。TDP-43やアミロイドβなどの標的タンパク質を特異的に切断することにも成功 すごいです nature.com/articles/s41586-0…

Computational design of metalloproteases

Nature - RFdiffusion methods are used to de novo design proteins with water-activating zinc-based active sites adjacent to a peptide substrate binding pocket, yielding highly active, programmable...

nature.com
3
52
4,303
染色体外DNAによる独自の電気化学的環境 染色体外DNAハブががん細胞において、酸化ストレスから自身を保護する独自の電気化学的環境を形成することを発見。これによりがん遺伝子の発現が支えられている可能性。 cell.com/molecular-cell/full…

Inherent electrochemical activity of extrachromosomal DNA hub shapes spatial redox environment in...

Qin et al. demonstrate that extrachromosomal DNA hubs function as inherent electrochemical reactors. By non-enzymatically generating a localized antioxidant shield, these hubs protect themselves from...

cell.com
2
31
3,344
タンパク質の発現振動と細胞運命制御 小腸上皮においてHes1タンパク質の発現振動に勾配が存在すること、さらにこの振動周期を人工的に制御することで細胞運命が変化することを報告。発現レベルだけでなく、そのダイナミクスが細胞運命に貢献 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scie…

Frequency encoding regulates cell type composition in the small intestine

Intestinal homeostasis requires tight regulation of stem cell maintenance and differentiation to absorptive and secretory cell types, two major intestinal lineages. Key signaling pathways have been...

science.org
11
79
5,700
ノンコーディングRNAからの翻訳 核内で働くとされていたノンコーディングRNA(Malat1)が、細胞質で微小ペプチドを産生することを発見。RNA配列内の反復配列B1 SINEがリボソームエントリーサイト(IRES)として働くらしい 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scia…

A B1 SINE element within the mouse Malat1 long noncoding RNA acts as an internal ribosome entry...

In most cells, Malat1 long noncoding RNA localizes to the nucleus where it affects splicing and chromatin function. In mouse neurons, Malat1 is exported to the cytoplasm where it is translated to...

science.org
15
136
9,510
逆転写によるユニークな抗ウイルス応答 細菌の抗ファージ防御システムである「レトロン」の一種が、逆転写によって一本鎖DNAを産生、これが翻訳抑制を解除することで抗ウイルス応答として貢献することを発見。人工的な遺伝子回路などへの応用も期待 すごいメカニズム cell.com/molecular-cell/full…

Reverse transcribed ssDNA derepresses translation of a retron antiviral protein

Retrons help bacteria defend against phage by initiating a toxic response to restrict viral propagation. Here, Zhang et al. describe the non-canonical mechanism of Retron-Vpa2, which accumulates...

cell.com
4
41
3,029
テロメア伸長酵素の祖先に迫る タンパク質自身のセリン残基をプライマーとして(!)RNAからDNAを逆転写する細菌抗ファージ因子を同定。テロメア伸長酵素と類似。RNAを使った反復DNA合成の仕組みが、細菌では抗ウイルス防御に、真核生物ではテロメアの維持に使われる可能性 nature.com/articles/s41586-0…

Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

Nature - Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

nature.com
6
33
3,061
糖鎖まで“配列で設計”する de novoタンパク質でN型糖鎖の周囲を立体的に囲い、糖鎖加工酵素のアクセスを制御。局所構造だけで複合型 → オリゴマンノース型へ糖鎖の加工状態を誘導し、細菌接着阻害などの機能まで実装 biorxiv.org/content/10.64898…

Programming N-linked glycan composition through de novo protein design

N-linked glycans are ubiquitous post-translational modifications that mediate diverse biological processes, including cell signaling and adhesion, molecular recognition, and host-pathogen interacti...

biorxiv.org
14
109
7,093
マウス発生の細胞系譜を追跡する PEtracerと呼ばれるDNAバーコード編集とシングルセルRNA-seqを組み合わせることで、受精後7.5日から10日までの細胞系譜を再構築。いろんな組織での発生起源や運命決定の動態が明らかに そんな事ができるとは、！ cell.com/cell/fulltext/S0092…

Comprehensive lineage tracing maps the landscape of cell fate decisions in mouse embryogenesis

We use PEtracer to reconstruct high-resolution lineage histories for >1.4 million cells from E7.5 to E10.0 during mouse development, providing a quantitative view of fate bias, restriction timing,...

cell.com
14
2
100
8,647
ワクチン副反応の個人差に腸内細菌が関係 mRNAワクチン接種前後の体温変化の個人差を追跡することで、発熱しやすい人は特定の腸内細菌が多いことや慢性的な腸管の軽度炎症があることを発見。加工食や西洋型の食事が副反応を悪化させるかも science.org/doi/10.1126/scie…

The human gut microbiome primes fever after vaccination

Fever is a common adverse reaction to vaccination, contributing to vaccine hesitancy and reduced uptake. To understand variation in fever risk, we longitudinally profiled fecal microbiota, oral...

science.org
1
19
2,405
特殊なリボソームによる翻訳制御 一部のウイルス感染や栄養ストレス時に、リボソームの構成が変化し、特殊なリボソームができることを発見。通常60Sに結合する因子が40Sにも結合する構造。ウイルスmRNAなどの優先的な翻訳に貢献するらしい そんなリボソームが！ cell.com/molecular-cell/full…

Ribosome remodeling drives translation adaptation during viral infection and cellular stress

Tsai et al. discover that ribosome composition is reprogrammed in response to intrinsic and external cellular perturbations, which supports ribosome remodeling as a conserved mechanism that enables...

cell.com
11
1
79
5,990
脂質の長さが老化のカギかも 老化に伴って複数の組織で脂質鎖が伸長していることを発見。伸長した脂質は細胞膜の物理的特性を変化させ細胞にダメージとなるかも。線虫では遺伝学的に脂質を短くすると寿命の延長が見られる おもしろいです！ nature.com/articles/s43587-0…

Longer lipids mark aging and constrain lifespan

Nature Aging - Investigating age-related remodeling of lipid species to shed light on the molecular underpinnings of aging, here Li et al. show that lipid acyl chains become longer with age. Lipid...

nature.com
26
1
178
10,588
Load more