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ひよこ🐣

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Cloud Software Engineer┊︎ 生命情報学┊︎博士満期退学➤在野研究だけで論文博士取得に挑戦中！┊︎1報目accepted🎉 2報目accepted🎉 3報目研究開始🔬

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【お知らせ】 技術書「（初心者向け）公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析 ~Rで始めるscRNA-seq解析~」の発売が開始されましたーー！！ 期間限定の割引価格で販売しております！！ Rを勉強してscRNA-seq解析をやってみませんか？ zenn.dev/labcode/books/a9phv… #LabCode #rnaseq #Seurat
【初心者向け】公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析 ~Rで始めるSingle Cell RNA-seq解析~

【初心者向け】公共データを用いたSingle Cell RNA-seq解析 ~Rで始めるSingle Cell RNA-seq解析~

📰 概要 前作「公共データを用いたRNA-seq解析」を400冊以上売り上げた著者による公共RNA-seqデータ解析の第2弾！ 公共データベース登録済みのSingle Cell RNA-seqデータを解析してみませんか？ Single Cell RNA-seq(scRNA-

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Replying to @t_goto21
Opus5.5です！
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Replying to @atariba_lab
なんならもはや「〇〇薬剤で△△細胞に使ってるRNA-seqデータ探して解析してくれ」って言ってfastqファイルすら渡してもない‥
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「ブラウザだけでRNA-seqが完結するぞ！すげー！」ってなってたのがつい数年前なのに、今となってはfastqファイルAIにぶん投げて終了ですからね。より研究を深めたり結果を思考する時間が増えた。作業より思考したいタイプの研究者にとっては本当ありがたい世の中になった。
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AI時代の研究に必要なのはAIが読めるように取得したデータをデジタルに変える作業なので、一度データになれば後はAIが解析して出力してくれる。なので、どんなデータを取るのかという戦略が大切で、より高度な課題に取り組んでいる研究者がより研究を加速させられるゲームになるなと感じる。
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Replying to @atsushi_ngs
前者は同意しますが、後者はAIを提供する会社が勝手に改善していくと思いますね。ユーザーはただ自然言語で問い合わせるだけで基本okでプロンプトとかスキルとかループエンジニアリングも勝手にAIが適切なの用意するようになると思います
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これからは自分自身の中で持ってる「生命科学の問い」が重要で、それを紐解くのにAI使うのかウェット実験するのかというHowの話でしかない。だからいかに明らかにすべき問いを洗練させるかのゲームになる。
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こういうのはもうBLAST検索レベルの作業。ウェットの実験始める前にAIで作業仮説を整理してもらってから取り掛かる。故にもうこれからはウェット研究者の時代。
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AI時代のバイオインフォマティシャンの生き残り戦略知りたい。だってもうみんなsalmonとかDEseq2とか意識してなくて、もうAIで直接エンリッチメント解析とかボルケーノプロットまで出してもらってるでしょ？MLの予測精度の改善とかloop回して自動化してるでしょ？
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「うおおお！すげー！AI便利すぎる！これまでできなかったあれもこれもできるぞ！」という全能感があったが、あまりに賢くなるのが早すぎて「あぁ、どうせすぐできるようになるんだろうなぁ...」という喪失感に変わった。ゲームでチート使い始めて面白くなくなる感覚に似てる
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研究室に眠っているウェットの結果を見せてもらって「これ、ドライ解析で裏付けとって論文にしませんか？」みたいなことしたい。AI時代にウェットの結果は宝ですよ
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おめでとうございます！これからはウェットの時代です！！AIが賢すぎてドライ研究の価値がどんどん陳腐化してて、自分がこれまで培ってきた技術はなんだったのかと思う。
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落とし所が見当たらなくて春先に塩漬けにしてた論文があるんだけど、今のAIに再解析させたら面白い結果出してくれた。もう何もしなくてもAIの進化待つだけでいいじゃん。
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最近、スマホで研究する割合の方が多くなってきた。基本的にClaude rcでPCに繋いでGitHub上で結果を確認する。mdファイルで論文書かせてpandocでwordなりにコンパイルしてる。これはちょっとしたコツだけど、結果をスリムにコンパクトにまとめるのがコツ。
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博士会、凄くいい取り組みだなと思う一方で、やむを得ず学位を諦めた私が会社でこれ主催されて排他されたらコンプ拗らせて死にそうになるな、、、 博士進学か、企業就職か。両方を選んだ「欲張りな私」をACESの博士会がお祝いしてくれた話 note.com/koki_asami/n/ne0a66…
博士進学か、企業就職か。両方を選んだ「欲張りな私」をACESの博士会がお祝いしてくれた話｜Koki

博士進学か、企業就職か。両方を選んだ「欲張りな私」をACESの博士会がお祝いしてくれた話｜Koki

こんにちは。ACESでDXコンサルタントとして働いている浅見です。 私は修士1年(M1)の夏にインターンとしてACESに入り、その冬に時短正社員になりました。大学院での研究と仕事を並行しながら修士号を取得し、博士課程へ進学。2026年3月に博士号を取得しました。 そのお祝いに、社内の「博士会」の皆さんがお鮨に連れて行ってくださいました。博士会は、ACESの博士取得者が集まる会です。...

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Replying to @pharmacy721
過去の卒業証明書請求したときに満期退学選べずに理由聞いたら、「あなたはただの退学になってます」って言われましたね。 しかしもう指導教官とこじれにこじれてたので単位取得大学後の学位審査も難しかっただろうし私の中では整理ついてました。
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私も単位取得退学した後にこれを利用しようと思ったのですが、教務の事務処理の手違いで、単位取得退学じゃなくてただの退学にされてたので利用できなかった経験がある
トクロンティヌス (@tokurontinus) profile pictureトクロンティヌス
@tokurontinusOct 5
どの学科に通われたかにもよるんですが、6年間おられたということなので、すべての単位取得しているのであれば、3年以内に論文提出すれば課程博士取れるのではないですか？
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辛い。読んでてほんと悲しい。 どっかでなんとかできたかもしれないという感覚はすごい分かる。 そして決して研究室を非難しない姿勢に大人を感じる。是非とももう一度チャレンジして欲しい。
Keitaro Shimizu @Play Life Studio Inc. 代表取締役 (@GIZAGIZAHEART) profile pictureKeitaro Shimizu @Play Life Studio Inc. 代表取締役
@GIZAGIZAHEARTOct 3
6年通った博士課程を、退学しました。 --社会人博士を志すあなたに、先に渡しておきたいこと--｜清水 啓太郎 / Keitaro Shimizu @GIZAGIZAHEART note.com/keitaro_shimizu/n/n…
6年通った博士課程を、退学しました。 --社会人博士を志すあなたに、先に渡しておきたいこと--｜清水 啓太郎 / Keitaro Shimizu

6年通った博士課程を、退学しました。 --社会人博士を志すあなたに、先に渡しておきたいこと--｜清水 啓太郎 / Keitaro Shimizu

6年通った博士課程を、退学しました 東京大学の博士課程に、社会人として約6年在籍していました。 その課程を、修了ではなく退学というかたちで終えることにしました。 正直に書きます。悔しいです。悲しいです。 自分で決めたことなのに、いまだに飲み込みきれていない感覚があります。 ただ、6年という時間は、失敗の記録としてだけ置いておくには少し長すぎました。 何がまずかったのか。何が足りなかったのか。...

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例えば5年10年先でようやく博士号を手にしてなにかしらのポストにつけた頃にはすでに40代になっており、ようやく手にした研究者ポストも「若手に席譲れ」みたいに言われることになるの辛すぎだわ
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研究に集中する時間、AIで取り戻しませんか？ 新刊『生命科学研究 × AI 活用ハンドブック』をZennで販売開始しました！🎉 文献調査、メール・Slack、発表資料づくりまで。 研究の日常で使えるAI活用法をまとめました。 生命科学系の学生・研究者の方へ👇 zenn.dev/labcode/books/c4f81…
生命科学研究 × AI 活用ハンドブック

生命科学研究 × AI 活用ハンドブック

📰 概要 「AI で研究時間を取り戻す」ための、生命科学研究者向けの実践ハンドブックです。 実験があり、解析があり、事務手続きがあり、そのうえで論文を書かなければならない。指導教員は忙しく、隣に詳しい人がいるとは限らない。そんな状況で研究を続ける研究者たちに取材し、実際にやっ

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そうなんだよな。 もう埋められない差をつけられてる可能性がある。それが研究者に求められる覚悟なのかも知れない。
武田紘樹 (@tomatoha831) profile picture武田紘樹
@tomatoha831Sep 28
「研究者になるには結婚、子供、余暇などを諦めろ」は間違っているけど「自分が結婚、子供、余暇などに費やしている時間を全て研究に注ぎ込んでる研究者と闘うことになる」は知っておいてもいい
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