医師・医学博士。国立大学教授、さきがけ研究者。AI・数理情報科学と融合した生命医科学研究をしています。 東北大・九州大・ハーバード大での研究を経て現職(PI)。 データ科学を武器に生命現象を数理・工学的に解き明かし医療へ応用したいです。※共同研究・講演・執筆依頼等ありましたらお気軽に連絡ください。大歓迎です。
Joined May 2019
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ペプチド創薬と、3次元病理診断に関するAIの研究提案がそれぞれ文科省のARiSE事業に採択されました。一緒に取り組んでくださる研究員や大学院生の方を募集しています。2027年4月からのScience Tokyoの大学院入学希望者も11月上旬まで受け付けしています。shimizuhideyuki-lab.org/
8/1 (土) に1日完結で「バイオメディカルAI夏の学校」というオンライン・対面のハイブリッドのハンズオン勉強会を行います。ライフサイエンスのデータを使ってAIを学べる & 社会人の方も無償のまたとない機会です。7/15に一次募集を締め切りますのでまだの方はお早めに shimizuhideyuki-lab.org/summ…
AI for Scienceもあって、生命科学や医療系を専門・専攻にしている方もAIを学びたいというお問い合わせが増えています。8/1 (土) に1日完結で「バイオメディカルAI夏の学校」というオンライン・対面のハイブリッドのハンズオン勉強会を行います。ライフサイエンスのデータを使ってAIを学べる & 社会人の方も無償のまたとない機会です。まもなく申し込みを締め切りますのでまだの方はお早めに shimizuhideyuki-lab.org/summ…
AI for Scienceもあって、生命科学や医療系を専門・専攻にしている方もAIを学びたいというお問い合わせが増えています。8/1 (土) に1日完結で「バイオメディカルAI夏の学校」というオンライン・対面のハイブリッドのハンズオン勉強会を行います。ライフサイエンスのデータを使ってAIを学べる & 社会人の方も無償のまたとない機会です。shimizuhideyuki-lab.org/summ…
2027年4月に博士課程への入学を検討している方を募集しております。先輩たちは全員が学進DCなどの経済支援を獲得していますが、それは年に5回以上の学会・論文発表という圧倒的なoutputがあるからでもあります。研究者を本気で目指している方に最適な教育・研究環境です。shimizuhideyuki-lab.org/
新刊「世界で一番やさしい 医師・医療職のための生成AI『超』入門講座」が本日出版されました。いろいろ進展がとても早くてまだあまり使ったことないという医療者の方に文字通り「世界で一番やさしい」を目指してつくった書籍になります。
shindan.co.jp/np/isbn/978478…
今年もバイオメディカルAI夏の学校を行います。8/1 (土) 1日完結で、オンライン・対面のハイブリッド開催です。生命科学や医療領域へAIを活用したいけどほとんど経験がない方を対象にしたハンズオンが中心になっています。shimizuhideyuki-lab.org/summ…
AIの発展などで、コンピューターを活用した生命科学研究を始めたいという方が増えています。そこで「生命科学データ解析をはじめる前に読む本」を執筆しました。コマンド、オプション、パスを通す、仮想環境などこれから10年は変わらない土台となるスキルを習得できます。yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo…
Science Tokyo AIシステム医科学分野 (清水研) ではあと1ヶ月ほどで2027年4月の大学院を検討している方の面談期間が終わりになります。AI創薬・AIエージェント開発はもちろん、環状ペプチド・PROTAC・核酸創薬、ロングリードシークエンサー、ロボットによる実験自動化、あるいは医療への社会実装までいろいろやっています。興味のある方はぜひ一度見学にお越しください。shimizuhideyuki-lab.org/
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
胎児12臓器・81万超の単一細胞で、DNAの「文法（regulatory syntax）」を解読したというNature誌の報告です。SHARE-seqでchromatin accessibility + gene expressionを同時測定。これとDeep learning（ChromBPNet）で配列からaccessibilityを予測し、motifの「文法」を体系的に明らかにしています。nature.com/articles/s41586-0…
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
複数のESM (ESM1b、ESM1v、ESM2 etc) をco-distillation手法で統合してvariant-effect prediction（VEP）でSOTAを達成したというNature Methods誌の手法です。それぞれのESMの良さを圧縮しています。doi.org/10.1038/s41592-026-0…
バイオや医療領域のデータサイエンスに関わる論文を輪読する学生さんのためだけのオンラインの勉強会Biomedical Data Science Clubというものをやっています。丸3年でのべ1000名を超える学生さんが参加しましたが、2026年度も随時募集しています。最初はお気軽にゲスト参加からどうぞ: shimizuhideyuki-lab.org/biom…
Biology, Medicine, そして情報科学の融合領域を学びデータサイエンスを身につけ研究を仕事にしたい方の大学院受け入れをしています。卒業時までに10本近い論文発表、20回近い学会発表を経験する人が大半。本気で研究者になりたいという方に最適な研究室の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/educ…
Cancer Cellにがん病理のvision-languageモデル『KEEP』が発表されました。11,454疾患の知識グラフを使って画像とテキスト事前学習。希少がんも含む18の公開データで従来モデルを圧倒しています。sciencedirect.com/science/ar…
KRAS変異の影響は臓器によって違いますが、その仕組みをマウスがん細胞ラインアトラスを構築し調べたというNature誌の報告です。がんゲノムのメカニズム理解も進むでしょう。nature.com/articles/s41586-0…
