Our work has been published in Antibody Therapeutics.
“Integrated AI-Guided de novo CDR-H3 Design and Combinatorial Phage Display for Antibody Discovery”
We developed SANDAN, a workflow that designs CDR-H3 sequences from antigen structure and target epitope information, and connects computational design with experimental screening by phage display.
doi.org/10.1093/abt/tbag054
From a library containing approximately 1,000 computationally designed CDR-H3 sequences, we obtained six binding antibodies, supporting the usefulness of the computational design approach.
At the same time, candidates with better computational scores were not simply more enriched experimentally. The results also suggested that combinations with CDR-L3 were important, indicating that CDR-H3 alone does not fully determine binding.
This suggests that we need to consider not only how to design candidates computationally, but also how to explore them experimentally.
This work was led by Kairi Furui (@yumizsui), a PhD candidate in our group, and marks his 14th first author paper.
This study was conducted in collaboration with Astellas Pharma Inc. We sincerely thank everyone at Astellas Pharma who contributed to this collaboration.
Beyond this work, we are also developing several other antibody design technologies, including ALLM-Ab (doi.org/10.1021/acs.jcim.5c0…), PATROL (unpublished, presented as a poster at the #CBI2026), and common light chain design for bispecific antibodies (unpublished, presented as a poster at the #CBI2026).
論文がAntibody Therapeutics誌に掲載されました。
“Integrated AI-Guided de novo CDR-H3 Design and Combinatorial Phage Display for Antibody Discovery”
抗原構造と標的エピトープの情報からCDR-H3を設計し、phage displayによる探索につなげるワークフロー「SANDAN」を開発しました。
doi.org/10.1093/abt/tbag054
CDR-H3配列としては計算で設計した1,000配列から6配列がヒットし、設計の有用性が確認できた一方で、計算上のスコアが良い候補ほど実験で濃縮されるという単純な結果にはなりませんでした。また、得られたbinderではCDR-L3との組み合わせも重要であることが示唆され、CDR-H3だけを見ればよいわけではないことも分かってきました。
計算設計した候補を、実験でどう探索するかまで含めて考える必要がありそうです。
本研究は、D3学生の古井くん（@yumizsui）が中心となって進めたもので、彼にとって14本目の1st author論文となりました。
また、本研究はアステラス製薬株式会社との共同研究として実施されました。共同研究にご尽力いただいたアステラス製薬の皆様に、改めて感謝申し上げます。
なお、抗体設計については、現在は ALLM-Ab (doi.org/10.1021/acs.jcim.5c0…) や PATROL (unpublish, CBI学会ポスター)、バイスペ抗体共通L鎖設計 (unpublish, CBI学会ポスター) など、複数の技術の開発に取り組んでいます。
